Den officiella religionen på Kreta är den grekisk-ortodoxa och många traditioner cirkulerar kring kyrkan. (se den ortodoxa kalendern) Helgon firas rikligt och de viktigaste helgonen har egna högtider som firas med ceremonier och paraderande.
En grekisk-ortodox kyrka är väldigt rik på dekorationer, ornament, guld och ikoner. Traditionellt var kyrkan mycket strikt, men reglerna för klädsel och formalia har blivit mindre strikt med tiden. Det är dock viktigt att känna till vad som förväntas av en besökare i en kyrka för att undvika att av misstag stöta sig med någon. Både män och kvinnor ska klä sig konservativt. Vissa kyrkor kräver att kvinnorna bär långa kjolar och att de täcker sitt hår med en scarf eller sjal. Mässor i kyrkan sker helt på grekiska och baseras nästan uteslutande på liturgi.
Ortodoxa kyrkor är dock inte de enda religiösa byggnaderna på Kreta. Moskéer och minareter är ett vanligt inslag i stadsbilden även om de flesta inte idag används i ett religiöst syfte. Det finns dock muslimska moskéer och protestantiska kyrkor i full funktion.